Nyttjande av sjöar och vattendrag
Människans behov av vatten för odling, som transportmedel och som kraftkälla har under lång tid starkt påverkat vattensystemen. Sjösänkning, dikning och dränering har förändrat vattenlandskapet i låglänta områden. I utpräglade jordbrukslandskap har längden vattendrag i vissa fall minskat med ca 50%. Även i skogslandskapet är vattendragen rensade och uträtade. Först för flottningens behov och idag för skogsbrukets behov. Nydikning är idag relativt ovanligt, men många vattendrag påverkas av återkommande rensning och muddring.
Utbyggnad för vattenkraft utgör den kraftigaste enskilda påverkan på vattensystemen. Vattenkraften orsakar onaturliga vattenståndsfluktuationer och urlakning av strandzonen, skapar vandringshinder för fisk och utgör barriär för flödet av näringsämnen. Reglerade vattensystem är därmed ofta utarmade. Utsättning av arter för att motverka utarmningen har i många fall inneburit en allvarlig påverkan på ekosystemet.
Vattenkvaliteten i sjöar och vattendrag har under årens lopp påverkats av näringsämnen, försurning och miljögifter. Utbyggnad av reningsverk, kalkning och minskad svaveldeposition är åtgärder som har gett effekt. Idag är diffus påverkan på vattenkvaliteten, t.ex. förbruning, ett ökande problem.